Работа в ручном режиме - в принципе неверно.
Предполагаю, что выделять цветом нужно определённые уровни в оглавлении.
Каждому уровню оглавления соответствует свой стиль; этот стиль и нужно редактировать - параметры шрифта.
Если же делать вручную, то после каждого обновления оглавления всё нужно повторять вручную.